In seiner Zeit in Uničov wurde zunächst festgenommen und wegen des Verdachts der Beteiligung am Widerstand gegen Matthias, der in seinem Bruder Nicholas beteiligt war, in Frage gestellt. Ab 1616 arbeitete er als Priester und Beichtvater Landes Ladislav Popel von Lobkowicz. Durch die turbulenten Ereignisse des Estates Aufstand aber Sarkander stieg in Streitigkeiten mit Nachbar nicht-katholischen Adels. Herr Lobkowicz wurde abgesetzt und eingesperrt und Sarkander daher beschlossen, vorübergehend verlassen und ging nach Krakau. Sie Holešova an die Anwendung von Ladislav Popel von Lobkowicz veröffentlicht. Reise nach Polen, aber Janu Sarkander geworden fatal.

Jan Sarkander wurde 1859 selig-und 1995 anlässlich des Besuchs von Papst Johannes Paul II. heilig gesprochen in Olomouc.

Olomouc ist die Kapelle. Jana Sarkander, der auf dem Gelände des ehemaligen Gefängnis, wo er gefoltert wurde Sarkander gebaut wurde.