Im Jahre 1818 Papst Pius VII.. Kardinal ernannt und ein Jahr später wurde der Erzbischof von Olomouc.

In Olomouc im Jahre 1820 initiierte die Gründung des ersten Parks, zu Ehren von Rudolph Gasse benannt und unterstützt den Bau eines neuen Theaters in Olomouc (jetzt Mährischen Theater) auch.

Zu seinen bedeutendsten Leistungen gehören die Einrichtung von Rudolph Hütte (heute Vitkovice Steel) 1828 Rudolf Jan war auch ein großer Liebhaber der Kunst und war befreundet mit dem berühmten Komponisten Ludwig van Beethoven, der ihn zu einem seiner berühmtesten Werke gab - Missa Solemnis.

Jan Rudolf von Habsburg wurde in der Familiengruft der kaiserlichen Habsburg in Wien beigesetzt, sein Herz in der Krypta der Kathedrale platziert. Wenzel in Olomouc