Całkowita kolekcja muzeum wynosi obecnie prawie milion pozycji. Obejmują one zbiory z zakresu archeologii, historii sztuki, numizmatyki, etnografii, kartografii, muzyki, medycyny i farmacji, militariów, przemysłu, handlu i rzemiosła, mineralogii, geologii, zoologii, paleontologii, botaniki oraz wiele mniejszych kolekcji. Biblioteka muzeum jest również bogata w ponad 70 000 woluminów, a unikalna kolekcja rękopisów i starych druków liczy ponad 2000 woluminów.
Stała ekspozycja muzeum poprowadzi zwiedzających przez historię "Ołomuniec - piętnaście wieków miasta", poprzez tradycje ludowe regionu "Od kołyski do grobu", jak również zapozna gości z ważnymi postaciami "W Galerii osobowości regionu Ołomunieckiego". Bardzo interesująca jest także ekspozycja "Natura regionu Ołomuńskiego" oraz "Uniwersytet Ołomuniecki", przedstawiający aż pięćdziesiąt przedmiotów, powiązanych z dziejami ołomunieckiego szkolnictwa wyższego.
Lapidarium - ekspozycja "Opowieść kamienia" przedstawia zwiedzającym dziesięć stacji, które opowiadają historię kamienia od jego najstarszych dziejów do czasów nowożytnych. (maj-wrzesień 10:00-18:00)