Jan Sarkander stał się nieprzyjacielem niekatolickiej szlachty na Morawach. Za "paktowanie" z polską szlachtą i kozakami, którzy chcieli atakować Morawy, został aresztowany i uwięziony w Ołomuńcu. Tutaj został umęczony i po 4 tygodniach we więzieniu zmarł.

Jan Sarkander został beatyfikowany w 1859 roku i kanonizowany przez papieża Jana Pawła II w 1995 roku podczas jego wizyty w Ołomuńcu.

W Ołomuńcu znajduje się kaplica św. Jana Sarkadera, którą wybudowano na miejscu więzienia, gdzie był Jan Sarkander torturowany.