Organizoval sociální a charitativní katolické spolky a v roce 1922 založil Arcidiecézní charitu Olomouc. Přispěl též k založení Diecézní charity Brno a rozvíjením spolupráce mezi oběma diecézními organizacemi položil základy pro pozdější vznik celostátní České katolické charity. Zasloužil se také o obnovu a povznesení významných moravských poutních míst - Sv. Hostýna a Velehradu.

Během svého kněžského působení se Stojan začal věnovat i politické práci. Roku 1897 byl zvolen poslancem Říšské rady ve Vídni. V roce 1918 byl zvolen poslancem Národního shromáždění v Praze a o dva roky později se stal senátorem.

Arcibiskup Stojan zemřel 29. září v Olomouci na následky mozkové mrtvice. Pohřben je v tzv. královské kapli velehradské baziliky.

V Beňově se dnes nachází muzeum, kde je možné zhlédnout dochované předměty ze života A. C. Stojana.