Místo jeho narození není známo, jako pravděpodobná místa se uvádějí Uherský Brod nebo Nivnice. Občas se zmiňuje i Komňa, odkud pocházela otcova rodina.
Roku 1608 začal studovat na latinském gymnáziu v Přerově, odkud v roce 1611 odešel na vysokou školu do Herbornu. Již při studiu začal pomáhat profesoru teologie Johannu Heinrichu Alstedovi s pracemi na obecné encyklopedii. Sám Komenský pak začal psát dvě velká díla: Poklad jazyka českého a encyklopedii Divadlo veškerenstva věci.
Roku 1614 se Komenský vrátil do Přerova jako rektor latinské školy. V roce 1616 byl vysvěcena na kazatele a následně odešel do Fulneku, kde působil jako rektor tamější školy a kazatel Jednoty bratrské. Ve Fulneku poznal i svou první ženu Magdalénu Vizovskou. V této době psal spis Listové do nebe.
Po porážce stavovského povstání roku 1621 byl nucen opustit Fulnek a skrývat se na různých místech v Čechách a na Moravě, protože odmítal konvertovat ke katolické církvi. Po roce ukrývání umírá na mor jeho žena a jeho dvě děti. Pod vlivem událostí psal filozofické spisy: Truchlivý, Hlubina bezpečnosti a později také Labyrint světa a ráj srdce.
V roce 1624 začal Jan působit v Brandýse nad Orlicí, kde se seznámil se svou druhou ženou Marií Dorotou Cyrilovou, se kterou měl tři dcery a syna.
V roce 1638 odešel do exilu do polského Lešna, které se stalo centrem bratrské víry. Začal psát učebnice a připravoval plán na zlepšení organizace školství, např. v díle Navržení krátké o obnově škol v Království českém. V Lešně byl zvolen biskupem a písařem, brzy se stal i zástupcem rektora gymnázia, což vedlo k jeho zájmu o pedagogiku. V tomto období vznikla velká část jeho děl, především pak z oblasti pedagogiky, např. Česká didaktika. Napsal také Velkou didaktiku a začal pracovat na Vševědě (Pansofii). Komenskému postupně jeho díla jako Brána jazyků otevřená a Informatorium školy mateřské zajistila věhlas po celé nekatolické Evropě.
Roku 1641 Jan přijal pozvání anglického parlamentu na přednáškové turné, během něhož vystoupil i před Královskou akademií věd. V této době vyjádřil své myšlenky ve spise Via lucis.
Roku 1642 odešel do Švédska, kam byl pozván, aby vedl reformu tamního školství a napsal učebnice. Vznikl zde spis Nejnovější metoda jazyků a část Obecné porady o nápravě věcí lidských.
Roku 1648 se společně s těžce nemocnou manželkou vrátil zpět do Lešna, kde působil jako biskup. V Lešně jeho druhá zemřela a již o rok později se Jan oženil potřetí s o více než třicet let mladší Janou Gajusovou. Když byl téhož roku uzavřen vestfálský mír a tím skončila třicetiletá válka, skončily též naděje českých exulantů na návrat do vlasti. Komenský se loučil s vlastí a církví spisem Kšaft umírající matky jednoty bratrské.
Roku 1651 přijal pozvání uherského knížete Zikmunda, kde měl u jeho dvora organizovat reformu školství. Pro své žáky vytvořil příručku Pravidla mravů a také zde vznikla učebnice Svět v obrazech a Škola hrou.
V letech 1654-56 opět pobýval v Lešně, kde pracoval na Pansofii, vydal slovník České řeči a Slovník pansofických definic. Při obléhání Lešna partyzány a následném požáru přišel o všechen majetek i cenné rukopisy jako Česko-latinský slovník, na kterém pracoval prakticky celý život a který považoval za své stěžejní dílo. Přišel také o většinu Pansofie, Metafyziky a další díla. Tuto ztrátu nesl velice těžce a nikdy se z ní zcela nevzpamatoval.
Roku 1656 se uchýlil do Amsterodamu, kde byla posléze vydána polovina z celého Komenského díla. Ale navzdory usilovné práci a pomoci syna Daniela, zůstala mnohá díla více či méně nedokončena.
Komenský zemřel po dlouhodobých zdravotních problémech, ve společnosti své ženy Jany, syna Daniela a přítele a lékaře Mikuláše Tulpa, 15. listopadu 1670. Byl pohřben v kostelíku v Naardenu.