Jako hráč působil především v Sigmě Olomouc, kterou pak jako trenér dovedl až do čtvrtfinále Poháru UEFA.

V letech 1998-2001 působil jako trenér reprezentace do 21 let. V roce 2000 získal stříbro na Mistrovství Evropy.

V roce 2004 dovedl reprezentační mužstvo k bronzové medaili na Mistrovství Evropy, když český výběr podlehl v semifinále Řecku 0:1 v prodloužení. Na Mistrovství světa 2006 Brücknerův tým nepostoupil ze základní skupiny. I přes tento neúspěch Brückner trenérem české reprezentace zůstal a pod jeho vedením tým Česka vyhrál kvalifikační skupinu na Mistrovství Evropy 2008. Tým však nepostoupil ze základní skupiny.

Po ME 2008 ohlásil svůj odchod z české reprezentace a stal se trenérem rakouské reprezentace, kterou však zanedlouho po neúspěších také opustil.

Od roku 2009 Karel Brückner působí jako poradce u národního týmu.