Kostel sv. Františka Serafinského se nachází v těsném sousedství piaristického kláštera a zámku.
V místech starého bratrského sboru byl v letech 1590-1593 postaven místní vrchností renesanční bratrský kostel. Lipnickou vrchností byli tehdy Petr Vok z Rožmberka s manželkou Kateřinou z Ludanic. Bratrský kostel byl postaven v goticko-renesančním stylu. Kostel byl vybudován na půdorysu obdélníka s trojbokým presbytářem, sevřeným dvojicí věží. Z původní stavby se dochovala dispozice kostela včetně obvodových zdí kněžiště s opěrnými pilíři, později upravená klenba kněžiště a dvojice věží, z nichž severní je vyzdobena sloupkovými arkádami s balustrádou. Bylo to výjimečné dílo, protože bratrské kostely jinak obecně věže nemívaly. Druhá, jižní věž, nebyla dostavěna do zamýšlené výše. Projektantem této významné budovy byl snad známý stavitel Baltassare Maggi z italského Arogna.
Po necelých 100 letech (1682 - 1687) byl kostel, v té době již zasvěcený sv. Františku Serafinskému, piaristy přestavěn ve stylu raného baroka. A to podle projektu vídeňského císařského architekta Giovanni Pietro Tencally, představitele raného baroka ve střední Evropě. Kostel má velmi dobrou akustiku a jsou v něm pořádány koncerty. Uměleckým skvostem je monumentální vstupní brána s půlkruhovým záklenkem, který je vyplněn tepanou barokní mříží z roku 1757. Plastika nad bránou představuje Zjevení sv. Terezie sv. Josefu Kalasánskému, zakladateli řádu piaristů. Její autorství je připisováno Františku O. Hirnlemu (B. Samek).