Renesanční zámek byl vystavěn roku 1609. Jeho stavbu realizoval Jiří Bruntálský z Vrbna. Podle dochovaných konstrukcí lze soudit, že zámek navrhl některý z vlašských zednických mistrů, což dokládá použitý typ kleneb s lunetami zdobenými charakteristickou ornamentální štukovou výzdobou.
Po bitvě na Bílé hoře v roce 1620 byl Jiří Bruntálský z Vrbna uvězněn a jeho majetek, propadlý konfiskaci, byl postoupen kardinálu Františku Dietrichštejnovi. Na lipenský zámek byly v roce 1626 přeneseny z Helfštýna panské vrchnostenské úřady.
Za pánů z Dietrichštejna, kteří panství vlastnili až do roku 1858, si zámek v podstatě zachoval svoji renesanční podobu. K radikální historizující novoklasicistní přestavbě zámku a přilehlých hospodářských křídel došlo až v 60. letech 19. století. Autorem přestavby byl stavitel Josef Zürk.
Dnes zámek slouží jako sídlo Městského úřadu v Lipníku nad Bečvou.