Za svého působení v Uničově byl poprvé zatčen a vyšetřován z podezření na spoluúčasti v odboji proti Matyášovi, do kterého byl zapleten jeho bratr Mikuláš. Od roku 1616 působil jako farář a zpovědník zemského hejtmana Ladislava Popela z Lobkovic. Vlivem bouřlivých událostí stavovského povstání se ale Sarkander dostal do sporů s okolní nekatolickou šlechtou. Pán z Lobkovic byl sesazen a uvězněn a Sarkander se proto rozhodl na čas odejít a vydal se do Krakova. Do Holešova se vrátil až na žádost propuštěného Ladislava Popela z Lobkovic. Cesta do Polska se však Janu Sarkanderovi stala osudnou.

Počátkem února roku 1620 vtrhl na Moravu oddíl kozácké lehké jízdy, najatý u polského krále Zikmunda III. Jejich tažení nepřátelským územím bylo poznamenáno pleněním. Holešov však zůstal ušetřen. Když se vojáci blížili k městu, měl jim údajně Sarkander vyslat vstříc průvod katolíků, zpívající náboženské písně a nesoucí monstranci. Kozáci se měli poklonit a odtáhnout zase dál. Sarkander se však vděku nedočkal. Správa země byla již v rukou nekatolíků a nečekaná záchrana Holešova ještě posílila podezření moravských stavů, že při své cestě do Polska dojednával vpád kozáků na Moravu. Byl vydána zatykač na katolické kněze z Holešova a Jan Sarkander byl obviněn ze spojenectví s nepřítelem, z vyzvědačství a piklů proti povstání protestantské šlechty.

Jan Sarkander se snažil ukrýt na zámku v Tovačově, byl však vyzrazen, následně zadržen a odveden do vězení v Olomouci. Ve vězení byl Sarkander v průběhu několika málo dní podroben čtyřem výslechům s použitím útrpného práva. Ani nejstrašnější praktiky však Janovi neotevřely ústa. Mučení Sarkanderovi způsobilo celou řadu vážných zranění a na jejich následky zemřel v žaláři o necelé čtyři týdny později.

Jan Sarkander byl blahoslaven roku 1859 a svatořečen roku 1995 při příležitosti návštěvy papeže Jana Pavla II. v Olomouci.

V Olomouci se nachází kaple sv. Jana Sarkandera, která byla vystavěna na místě někdejšího vězení, kde byl Sarkander mučen.